Vor Einbau des neuen Fensters wird das alte Fensterelement zunächst vollständig entfernt. Gerade die Entfernung des alten Rahmens kann sehr aufwändig sein. Über Jahrzehnte hinweg können die alten, eingesetzten Abdichtungsmaterialien sehr fest mit dem Mauerwerk „verwachsen“ sein. Auch die Mauerwerksanker werden vollständig entfernt. Anschließend müssen die Schäden an den Fensterlaibungen mit Zement ausgebessert werden. Erst dann kann der Einbau des neuen Fensters beginnen.
Für die Ausrichtung des neuen Fensters wird zunächst der Fensterrahmen in die Wandöffnung gesetzt. Dann werden unter den Rahmen Kunststoff- oder Holzkeile geschoben, bis der Fensterrahmen in der Waagerechten steht. Anschließend wird mit weiteren Keilen an den Seiten zwischen Rahmen und Mauerwerk die lotrechte Ausrichtung des Rahmens vorgenommen. Ist der Rahmen richtig ausgerichtet, werden die Löcher für die Verankerung im Mauerwerk vorgebohrt. Bei einigen Fensterrahmen sind die entsprechenden Bohrlöcher bereits vorhanden. Mit einer Schlagbohrmaschine bohrt der Handwerker dann die Löcher zur Verankerung in die Fensterlaibung. Mit Mauerwerksankern wird der Rahmen des Fensters dann befestigt.

Beim modernen Fenstereinbau wird besonderes Augenmerk auf die Fuge zwischen Fensterrahmen und Mauerwerk gelegt. Wurde sie früher nur mit Bauschaum ausgeschäumt und anschließend verputzt, ist heute der Einbau von Dichtbändern an der Innen- und der Außenseite der gängige Stand der Technik. Auf diese Weise wird die Luftdichtheit der Fuge sichergestellt, wie sie von der Energieeinsparverordnung (EnEV) verlangt wird. Im Neubau oder bei der Komplettsanierung eines alten Hauses nach einem Effizienzhausstandard, der durch staatliche Zuschüsse über die Kreditanstalt für Wiederaufbau (KfW) gefördert wird, muss die Luftdichtheit durch einen so genannten Blower-Door-Test nachgewiesen werden.
Bei diesem Test wird bei geschlossenen Fenstern und Türen Luft mithilfe eines Ventilators in das Gebäude geblasen oder herausgesaugt. Dabei lässt sich messen, wie viel Druck über Undichtigkeiten nach außen verloren geht, beziehungsweise in das Gebäude einströmt.

Ist der Fensterrahmen entsprechend ausgerichtet und abgedichtet, werden die Dichtbänder verputzt und verschwinden so unsichtbar in der Wand. Anschließend werden die Fensterflügel in den Rahmen eingesetzt und eine Funktionsprüfung vorgenommen. Dann ist der Fensteraustausch abgeschlossen.
Besondere Sorgfalt gilt bei automatisierten Fenstern. Hier sind nicht nur der richtige Einbau, die richtige Verankerung und die richtige Abdichtung sicherzustellen, sondern ebenso, dass alle elektrischen Anschlüsse fachgerecht ausgeführt wurden. Das ist zum einen ein Sicherheitsaspekt, zum anderen aber auch eine Notwendigkeit, damit sich die automatisierten Fenster in die Hausautomation optimal einbinden lassen.
Bei Fenstern, die einen bestimmten Einbruchschutz gewährleisten sollen, empfiehlt sich ebenfalls der Einbau durch ein Fachunternehmen. So entfalten die Fenster ihre volle Schutzfunktion. Selbst wenn es doch einmal zu einem Einbruch kommen sollte, kann der Versicherung der korrekte Einbau der Fenster nachgewiesen werden.
Ist der Fenstertausch Teil einer Komplettsanierung oder soll kurze Zeit nach dem Austausch eine Fassadendämmung vorgenommen werden, sollte man die Fenster an die richtige Stelle in der Laibung einsetzen. In diesem speziellen Fall schließen die Fensterelemente bündig mit der Fassade ab. Auf diese Weise werden die Anschlussfugen optimal von der anschließenden Fassadendämmung abgedeckt und eventuelle Wärmebrücken gemindert.